Olyckan skedde strax innan klockan ett i natt på väg 962 strax utanför Mörbylånga på Öland.
Två pojkar i mellersta tonåren färdades i A-traktorn när den gick av vägen och voltade.
Polis, ambulans och räddningstjänst larmades till platsen. Föraren av fordonet togs till sjukhus, men avled av de skador han ådrog sig vid olyckan. Det meddelade polisen på söndagsmorgonen.
Pojken som färdades som passagerare klarade sig utan allvarliga skador.
Polisen utreder händelsen som vårdslöshet i trafik.
– Exakta omständigheter vet vi inte i dagsläget, förutom att det är en mycket tragisk olycka, säger Kim Hild vid polisen i region Syd till tidningen Aftonbladet.
Den omkomne pojkens anhöriga är underrättade.